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与消化系统关系最密切的细菌是幽门螺杆菌。
幽门螺杆菌可以抵御消化道内的胃酸，在进入胃黏膜上皮细胞生存繁殖的过程中能产生大量毒素和侵袭因子，然后导致消化性溃疡、胃炎、胃癌等一系列病变。
幽门螺杆菌还可能促进胃酸的分泌，进而使胃黏膜和十二指肠黏膜的损伤变得更加严重，然后导致消化性溃疡的发生。在幽门螺杆菌感染患者中约10％会发展为消化性溃疡，溃疡严重或经久不愈者可能会导致胃癌。如果消化性溃疡患者确诊幽门螺杆菌感染，应及时至医院就诊接受根除幽门螺杆菌感染的治疗。
消化系统从口腔延续到肛门，负责摄入食物、将食物粉碎成为营养素、吸收营养素进入血液，以及将食物的未消化部分排出体外。消化道包括口腔、咽、食管、胃、小肠、大肠、直肠和肛门，还包括一些位于消化道外的器官：胰腺、肝脏和胆囊。肠道菌群主要位于下消化道结肠及直肠中，因此肠道菌群与消化道的关系最为密切，几乎所有的消化道疾病均与肠道菌群有着相关的联系，其中炎症性肠病（IBD）、肠易激综合征（IBS）、功能性消化不良（FD）、结直肠癌、非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）、肝硬化、胰腺疾病与肠道菌群的关系研究尤为火热。
1、结直肠癌
结直肠癌是消化系统恶性肿瘤之一，早期症状不明显，随着癌肿的增大而表现排便习惯改变、便血、腹泻、腹泻与便秘交替、局部腹痛等症状，晚期则表现贫血、体重减轻等全身症状。目前，尽管肠道菌群的确切作用及其在介导致癌方面的机制尚未明确，但是大量研究表明，肠道菌群失调在结直肠癌的发生和发展中可能发挥重要的作用；菌群的种类、数目及其代谢产物的改变与多种疾病包括炎性肠病和结直肠癌等有密切的联系。
2、炎症性肠病
炎症性肠病（IBD）为累及回肠、直肠、结肠的一种特发性肠道炎症性疾病。临床表现腹泻、腹痛，甚至可有血便，包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）。有许多研究表明, 细菌是IBD的促发因素，活动期UC患者的双歧杆菌、乳酸杆菌菌数量较正常对照组呈显著减少；肠杆菌数量较正常组有显著增加，肠球菌及小梭菌也有增加的趋势。表明活动期UC患者的益生菌减少和肠杆菌等条件致病菌增加导致肠菌群失调，这种失调可能是UC的发病因素之一。而缓解期UC患者的双歧杆菌、肠杆菌及其它细菌数量较正常对照组无显著差异提示UC患者肠道菌群的改变程度与UC的病理改变严重程度具有一定关联。由此可见，肠道菌群与人体健康关系密不可分。如果肠道出现问题，肠道菌群紊乱，那么身体健康也会遇到威胁。因此，保护好肠道健康，建立肠道菌群生态系统平衡至关重要。
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